O Programa Mais Médicos (PMM) surgiu da necessidade de provimento de médicos para atuarem em regiões prioritárias para o Sistema Único de Saúde (SUS), a fim de reduzir as desigualdades regionais na área da saúde em todo o Brasil, prioritariamente, em regiões de difícil acesso (BRASIL, 2013). A Lei 12.871/2013 instituiu o PMM, afim formar recursos humanos na área médica para atuar no SUS, especificamente na Atenção Básica (BRASIL, 2013).  No âmbito do PMM, foi instituído o Projeto Mais Médicos para o Brasil (PMMB) que, em sua organização, prevê a realização de atividades pedagógicas direcionadas ao ensino-serviço, como a oferta de cursos de especialização, pesquisa e extensão, e o processo de supervisão acadêmica realizado por médicos brasileiros (BRASIL, 2015). Neste contexto, a saúde indígena está inserida, e tem sido considerada um locus de desafio ao cumprimento das atividades previstas para o Projeto. Este relato objetiva apresentar reflexões preliminares sobre o processo de organização da supervisão acadêmica em área indígena. Por meio do diálogo entre os diversos atores participantes do PMMB nas áreas indígenas, bem como da leitura de relatórios de supervisão, de informações construídas a partir do grupo de trabalho da Supervisão Acadêmica nestas áreas, e da literatura científica sobre o trabalho em saúde na área indígena, têm-se observado desafios das mais diversas naturezas, como: a) área geográfica extensa e com dificuldades de acesso, que dificultam o deslocamento dos supervisores; b) necessidade de intensificar o diálogo com a administração de Distritos Sanitários Indígenas (DSEI), de modo a desenvolver um trabalho colaborativo e participativo; c) a busca do diálogo entre os saberes tradicionais dos povos indígenas e os saberes do modelo biomédico ocidental, considerando os aspectos interculturais (BRASIL,2002); d) a insuficiência na formação acadêmica dos médicos no Brasil, que não abarca disciplinas relativas às Ciências Sociais e à Antropologia da Saúde nos currículos (ATHIAS; MACHADO, 2001). Diante do exposto, faz-se necessário um constante diálogo sobre os desafios da supervisão acadêmica em território indígena, com vistas a traçar planos de ação que reduzam as dificuldades identificadas e fortaleçam o trabalho nestes territórios. A supervisão acadêmica do PMMB se mostra como um importante espaço de ensino-aprendizagem, onde as práticas clínicas e as realidades de saúde vivenciadas pelos médicos do projeto são compartilhadas e aperfeiçoadas, considerando a singularidade da área indígena.